NGS Raporu Nedir, Hangi Bölümlerden Oluşur
NGS (yeni nesil dizileme), tümör dokusundaki ya da kandaki DNA'yı yüzlerce gende aynı anda okuyan laboratuvar yöntemidir. Sonuç, genellikle 10 ile 30 sayfalık bir rapor olarak gelir. Rapor, tümörün tedaviye yön verebilecek özelliklerini bulmak için istenir; bu sürecin bütünü tümör genetik profillemesi sayfasında anlatılmıştır.
Raporun bölümleri laboratuvara göre değişse de temel yapı ortaktır:
- Hedeflenebilir (aksiyon alınabilir) varyantlar
- Onaylı bir ilaç, kılavuz önerisi ya da klinik araştırma ile eşleşen gen değişiklikleri. Raporun ilk sayfasındaki özet bu bölümü öne çıkarır.
- Önemi bilinmeyen varyantlar (VUS)
- Saptanmış ama klinik anlamı kanıtlanmamış değişiklikler; çoğu raporda ek sayfalarda listelenir.
- Tümör mutasyon yükü (TMB)
- Megabaz başına düşen mutasyon sayısı; yüksek değer immünoterapi yanıt olasılığı ile ilişkilendirilir.
- Mikrosatellit instabilitesi (MSI)
- DNA onarım sisteminin bozuk olup olmadığını gösterir; MSI-high tümörler immünoterapiden yararlanabilir.
- Gen füzyonları ve kopya sayısı değişiklikleri
- İki genin birleşmesi (ör. NTRK, ALK, RET füzyonları) ya da bir genin çoğalması (ör. HER2 amplifikasyonu). Bunlar da hedeflenebilir olabilir.
- Kalite bilgileri
- Tümör hücre oranı, okuma derinliği ve test edilen gen listesi. Düşük tümör oranı, sonucun güvenilirliğini sınırlar.
VUS Ne Demek, Neden Bu Sınıf Vardır
İnsan genomunda milyonlarca küçük farklılık vardır ve çoğu zararsızdır. Bir gende değişiklik bulunduğunda laboratuvar üç soruyu cevaplamaya çalışır: Bu değişiklik proteinin işlevini bozuyor mu? Daha önce kanserli hastalarda görülmüş mü? İşlevsel çalışmalarla ne gösterilmiş? Bu soruların yeterli cevabı yoksa varyant "önemi bilinmeyen" olarak sınıflandırılır. VUS, "tehlikeli" ya da "zararsız" değil, "henüz bilinmiyor" demektir.
Kalıtsal (germline) testlerde ACMG/AMP standardı beş sınıf tanımlar: patojenik, olası patojenik, VUS, olası iyi huylu, iyi huylu. Tümör (somatik) testlerinde ise AMP/ASCO/CAP standardı varyantları klinik önemine göre dört kademeye (tier) ayırır ve VUS üçüncü kademededir. Her iki sistemde de VUS, karar verdirici bir bulgu değildir.
Geniş panellerde VUS bulunması olağandır. Panel ne kadar çok gen okursa, tedaviyle ilgisi olmayan değişiklik bulma olasılığı o kadar artar. Bu nedenle 500 genlik bir raporda birkaç VUS görülmesi, testin başarısız olduğu ya da tümörün alışılmadık olduğu anlamına gelmez.
Önemli: VUS, tedavi başlatmak, tedaviyi değiştirmek ya da ameliyat kararı vermek için kullanılmaz. Bir hastaya yalnızca VUS'a dayanarak hedefe yönelik ilaç önerilmesi uluslararası standartlara aykırıdır. Bu yazıdaki bilgiler hekim muayenesinin yerine geçmez.
Genetik Rapordan Her Zaman Tedaviye Yönelik Sonuç Çıkar mı
Genetik analizler bazen net ve yol gösterici sonuç veriyor, bazen beklenen hedefe ulaşılamıyor; raporun nasıl okunması gerektiği anlatılıyor.
Tier Sistemi, OncoKB ve ESCAT Kanıt Düzeyleri
Bir varyantın "hedeflenebilir" sayılması için o değişikliği hedefleyen ilacın o kanser türünde yarar sağladığına dair kanıt gerekir. Bu kanıtı derecelendiren üç sistem raporlarda sık geçer. Aşağıdaki tablo bunları yan yana gösterir.
| Kanıt düzeyi | AMP/ASCO/CAP (2017) | OncoKB | ESMO ESCAT (2018) |
|---|---|---|---|
| Bu kanser türünde onaylı ilaç ya da kılavuz standardı | Tier I-A | Seviye 1 (FDA onaylı), seviye 2 (kılavuzda standart) | I-A, I-B, I-C |
| Bu kanser türünde klinik çalışma kanıtı var, onay yok | Tier I-B ya da II-C | Seviye 3A | II-A, II-B |
| Başka kanser türünde onaylı ilaç var | Tier II-C | Seviye 3B | III-A |
| Yalnızca laboratuvar (preklinik) kanıtı var | Tier II-D | Seviye 4 | IV |
| Klinik önemi bilinmiyor (VUS) | Tier III | Listelenmez | Sınıflandırılmaz |
| Dirençle ilişkili varyant | Tier I ya da II (direnç) | R1, R2 | Ayrı belirtilir |
Uygulamada tedavi kararı tier I ve II, OncoKB seviye 1-3 ve ESCAT I-II bulgulara dayanır. ESMO'nun 2024 NGS önerileri, hangi kanser türlerinde geniş panel testinin rutin olarak istenmesi gerektiğini ESCAT düzeyine göre sıralar: küçük hücreli dışı akciğer kanseri, kolorektal kanser, prostat kanseri, over kanseri ve kolanjiyokarsinom bu listenin başındadır. Hedefe yönelik ilaçların çalışma ilkesi akıllı ilaç tedavisi sayfasında açıklanmıştır.
Raporlarınızı Değerlendirme İçin Gönderin
Patoloji, görüntüleme ve kan sonuçlarınızı WhatsApp’tan iletebilir ya da e-posta ile gönderebilirsiniz. Belgeler görüşme öncesinde incelenir.
ClinVar ve cBioPortal Ne İşe Yarar
Laboratuvar bir varyantı sınıflandırırken kamuya açık veritabanlarına başvurur. Prof. Dr. H. İbrahim Petekkaya'nın klinik moleküler onkoloji çalışmasını yürüten Ezel Bildik de rapordaki her hedeflenebilir varyantı ve VUS'u bu kaynaklarla yeniden kontrol eder.
ClinVar
ABD Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin (NCBI) yürüttüğü, laboratuvarların varyant yorumlarını paylaştığı açık arşivdir. Aynı varyant için birden fazla laboratuvarın sınıflaması ve gerekçesi görülebilir. Bir varyantın ClinVar'da "çelişkili yorum" taşıması, VUS olarak raporlanmasının sık nedenlerinden biridir.
OncoKB
Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi'nin hazırladığı, varyant ile ilaç eşleşmelerini kanıt seviyesiyle listeleyen bilgi tabanıdır. Bir varyantın hangi kanserde hangi ilaçla ilişkili olduğu ve kanıtın hangi seviyede olduğu buradan görülür.
cBioPortal
Büyük tümör dizileme çalışmalarının verisini açık olarak sunan portaldır. Belirli bir varyantın hangi kanser türlerinde ne sıklıkla görüldüğü, aynı gende hangi noktaların sık mutasyona uğradığı buradan incelenir. Bir VUS'un daha önce hiçbir tümörde görülmemiş olması ile yüzlerce tümörde tekrarlayan bir noktada bulunması farklı yorumlanır.
VUS Sonucu Aile için Ne Anlama Gelir
Tümör dokusundan yapılan NGS testi somatik değişiklikleri arar; yani tümörde sonradan oluşan ve çocuklara geçmeyen mutasyonları. Tümör raporunda BRCA1, BRCA2, MLH1 gibi kalıtsal kanserle ilişkili bir gende varyant görülmesi, o değişikliğin kalıtsal olduğunu göstermez. ESMO, tümör testinde bu genlerde patojenik varyant saptandığında kan ya da tükürükten germline doğrulama testi yapılmasını önerir; VUS için ise böyle bir öneri yoktur.
Kalıtsal (germline) panelde VUS çıkan bir hastada da aile bireylerine tarama önerilmez; çünkü VUS için "taşıyıcı" kavramı kullanılmaz. Aile bireylerinin riski, kişisel ve aile öyküsüne göre değerlendirilir. Bu değerlendirmenin nasıl yapıldığı kalıtsal kanser risk değerlendirmesi sayfasında anlatılmıştır. VUS sonucu alan hastanın yakınlarına "sende de var" ya da "sende yok" denilemez; söylenebilecek olan, sonucun şimdilik bilgi vermediğidir.
Her Mutasyon Aynı Klinik Önemi Taşımaz
EGFR, ALK ve ROS1 gibi bilinen değişikliklerde seçenekler daha net; diğer durumlarda bulgunun tümörün davranışını etkileyip etkilemediği yorumlanıyor.
Rapor Moleküler Tümör Kurulunda Nasıl Tartışılır
NGS raporu tek başına okunmaz; hastanın kanser türü, evresi, önceki tedavileri, patoloji ve görüntüleme bulgularıyla birlikte değerlendirilir. Egepol Hastanesi'nde bu değerlendirme moleküler tümör kurulunda yapılır. Kurulda sırasıyla şu adımlar izlenir:
- Raporun teknik kalitesi kontrol edilir: tümör hücre oranı yeterli mi, panel istenen genleri kapsıyor mu?
- Hedeflenebilir varyantlar kanıt düzeyine göre sıralanır; onaylı ilaç, klinik araştırma ya da endikasyon dışı başvuru seçenekleri ayrılır.
- VUS listesi gözden geçirilir; sık mutasyona uğrayan bölgelerde yer alan ya da literatürde yeni yayın çıkmış VUS'lar işaretlenir.
- Kalıtsal sendrom şüphesi doğuran bulgularda germline test önerilir.
- Öneri, gerekçesi ve kanıt düzeyiyle birlikte yazılı olarak hastaya iletilir.
Kurul kararı, VUS'a dayanarak ilaç önermez; ancak VUS'un hangi koşulda yeniden değerlendirileceğini not eder.
Yeniden Sınıflandırma ve Hasta Bilgilendirme
Varyant sınıflaması sabit değildir. Yeni yayınlar, işlevsel deneyler ve büyük toplum verileri eklendikçe VUS'lar yeniden sınıflandırılır. Kalıtsal kanser testlerinde 1,4 milyon hastayı kapsayan bir analizde, yeniden sınıflandırılan VUS'ların yaklaşık yüzde 90'ının iyi huylu yönde güncellendiği, küçük bir kısmının patojenik olarak değiştiği bildirilmiştir. Bu nedenle rapor, hastanın kendi dosyasında saklanmalı ve tedavi kararı gerektiren her yeni dönemde (nüks, tedavi değişikliği) hekimle yeniden gözden geçirilmelidir.
Prof. Dr. H. İbrahim Petekkaya'nın klinik uygulamasında, raporda VUS varsa hastaya bu bulgunun ne olduğu ve ne olmadığı bir cümleyle anlatılır; VUS'lar hastanın dosyasında listelenir ve yeni bir tedavi kararı aşamasında güncel veritabanlarıyla yeniden sorgulanır. Laboratuvarlar yeniden sınıflandırmayı kendiliğinden bildirmeyebilir; bu yüzden birkaç yılda bir raporun yeniden sorulması hastaya önerilir.
Genomik test sonucu hakkında başka bir merkezde yorum almış ve raporun yeniden değerlendirilmesini isteyen hastalar için ikinci görüş süreci tanımlanmıştır. Genetik ve moleküler onkoloji hizmetlerinin bütünü genetik ve moleküler onkoloji sayfasında özetlenmiştir.
Sık Sorulan Sorular
VUS sonucu kanserin kalıtsal olduğu anlamına mı gelir?
Hayır. Tümör dokusundaki bir VUS, çoğunlukla sonradan kazanılmış (somatik) bir değişikliktir ve kalıtım hakkında bilgi vermez. Kalıtsal olup olmadığı ancak kan ya da tükürükten yapılan germline testle anlaşılır. Germline testte bile VUS, kalıtsal kanser sendromu tanısı koydurmaz; aile bireyleri VUS için taranmaz. Kalıtsal risk kararı yalnızca patojenik ve olası patojenik varyantlara göre verilir.
VUS için tedavi verilir mi?
Verilmez. Uluslararası standartlar VUS sonucunu tedavi kararına dayanak yapmaz; çünkü değişikliğin proteinin işlevini bozup bozmadığı bilinmemektedir. Tedavi, raporun hedeflenebilir varyantlar bölümündeki tier I ve II ya da ESCAT I ve II düzeyindeki bulgulara göre planlanır. VUS taşıyan bir gen için ilaç başlamak, kanıtı olmayan bir tedavi denemektir; moleküler tümör kurulu bu tür istekleri gerekçesiyle geri çevirir.
VUS zamanla patojenik varyanta dönüşebilir mi?
Varyantın kendisi değişmez; değişen, hakkındaki bilgidir. Yeni yayınlar, işlevsel çalışmalar ve toplum verileri birikince VUS yeniden sınıflandırılır. Kalıtsal kanser testlerinde yeniden sınıflandırılan VUS'ların büyük çoğunluğu iyi huylu yönde değişir; küçük bir kısmı patojenik olarak güncellenir. Bu nedenle raporun saklanması ve birkaç yılda bir laboratuvara ya da hekime yeniden sorulması önerilir.
Tier 1 ve tier 2 varyant ne demek?
AMP/ASCO/CAP sınıflamasında tier I, o kanser türünde onaylı bir ilacı ya da kılavuz önerisini doğrudan belirleyen güçlü klinik önemi olan varyanttır. Tier II, başka kanser türünde onaylı ilacı olan ya da klinik araştırmalarla desteklenen, olası klinik önemi olan varyanttır. Tier III önemi bilinmeyen varyant, yani VUS; tier IV ise iyi huylu ya da olası iyi huylu varyanttır.
NGS raporunda hiç hedeflenebilir varyant çıkmazsa ne olur?
Bu sonuç sık görülür ve tedavinin olmadığı anlamına gelmez. Hekim kemoterapi, immünoterapi ve kanser türüne özgü standart tedavileri kılavuza göre planlar. Rapordaki TMB, MSI ve PD-L1 gibi belirteçler immünoterapi kararına yardım edebilir. Doku yetersizse ya da örnek eskiyse ctDNA (kan) testi ile tamamlayıcı analiz düşünülebilir. Sonuç, moleküler tümör kurulunda diğer bulgularla birlikte değerlendirilir.
Raporu kendim okuyabilir miyim, hangi bölüme bakmalıyım?
Raporun ilk sayfasındaki özet, klinik önemi olan bulguları ve varsa ilaç eşleşmelerini listeler; hastanın bakması gereken asıl bölüm burasıdır. VUS listesi genellikle ekte, küçük puntolarla yer alır ve tedaviyi etkilemez. Yine de rapor, hastanın kanser türü, önceki tedavileri ve diğer patoloji bulguları bilinmeden yorumlanamaz. Bu yüzden rapor mutlaka tıbbi onkoloğa götürülmelidir.
İlgili Yazılar
Kemoterapi Kaç Kür Verilir, Kür Sayısı Neye Göre Belirlenir?
Sayfayı Açın
Metastatik Kolorektal Kanserde Tedavi Sırası Neden Biyobelirteçle Başlar?
Sayfayı Açınİlgili Sayfalar
Tümör Genetik Profillemesi
Sayfayı Açın
Moleküler Tümör Kurulu
Sayfayı Açın
Kalıtsal Kanser Risk Değerlendirmesi
Sayfayı Açın
Akıllı İlaç Tedavisi
Sayfayı Açın
Genetik ve Moleküler Onkoloji
Sayfayı AçınKaynaklar
- Li MM et al. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: AMP, ASCO and CAP joint consensus. J Mol Diagn 2017;19(1):4-23. Bağlantı
- Richards S et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: ACMG and AMP joint consensus. Genet Med 2015;17(5):405-424. Bağlantı
- Mateo J et al. A framework to rank genomic alterations as targets for cancer precision medicine: the ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets (ESCAT). Ann Oncol 2018;29(9):1895-1902. Bağlantı
- Mosele MF et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024: ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol 2024;35(7):588-606. Bağlantı
- Chakravarty D et al. OncoKB: a precision oncology knowledge base. JCO Precis Oncol 2017;1:1-16. Bağlantı
- Kuzbari Z et al. Germline-focused analysis of tumour-detected variants in 49 cancer predisposition genes: ESMO Precision Medicine Working Group recommendations. Ann Oncol 2023;34(3):215-227. Bağlantı
- Mersch J et al. Prevalence of variant reclassification following hereditary cancer genetic testing. JAMA 2018;320(12):1266-1274. Bağlantı
- OncoKB, Memorial Sloan Kettering Cancer Center. Bağlantı
- ClinVar, National Center for Biotechnology Information. Bağlantı
- cBioPortal for Cancer Genomics. Bağlantı