CGP Nedir ve Tek Gen Testinden Farkı
Kapsamlı genomik profilleme (CGP), tümör DNA'sında yüzlerce geni ve dört tür değişikliği (nokta mutasyonu, kopya sayısı artışı, gen füzyonu ve mutasyon yükü) tek testte inceleyen yeni nesil dizileme (NGS) yöntemidir. Tek gen testi ise yalnızca bir soruya cevap verir; örneğin akciğer kanserinde EGFR mutasyonu var mı. Geniş panel, aynı dokudan tek seferde bütün hedefleri taradığı için biyopsi dokusunu ve zamanı korur.
Bu test tümör dokusundaki (somatik) değişiklikleri arar; doğuştan taşınan (germline) değişiklikleri araştıran kalıtsal test ayrı bir kan testidir. Tümör testinde BRCA gibi kalıtsal olabilecek bir gen değişikliği bulunduğunda, bunun doğuştan olup olmadığı kalıtsal kanser risk değerlendirmesi ile doğrulanır. Panel büyüklüğü (50 gen, 300 gen, 500 gen) laboratuvara göre değişir; klinik olarak önemli olan, kanser türü için kılavuzda tanımlı hedeflerin panelde bulunmasıdır.
| Test türü | Ne inceler | Örnek | Ne zaman yeterli |
|---|---|---|---|
| İmmünohistokimya | Tek proteinin hücredeki miktarı (HER2, PD-L1, MMR) | Doku | Meme, mide ve akciğerde ilk adım; hızlı sonuç verir |
| FISH | Tek gende çoğalma ya da kırılma (HER2, ALK) | Doku | İmmünohistokimya sonucu belirsizse |
| Tek gen ya da küçük panel (PCR) | Bir ya da birkaç gende bilinen mutasyonlar | Doku ya da kan | Kolon (RAS, BRAF), melanom (BRAF), tiroid |
| Hedefli NGS paneli (20 ila 50 gen) | Kanser türüne özgü sık hedefler | Doku ya da kan | Akciğer kanserinde standart hedeflerin tümü |
| Kapsamlı genomik profilleme (300 gen ve üzeri) | Mutasyon, kopya sayısı, füzyon, TMB, MSI birlikte | Doku ya da kan | Nadir tümör, hedef bulunamayan ileri evre hastalık, klinik araştırma değerlendirmesi |
Genetik Panel Neden Öneriliyor
Kapsamlı genetik panelin hangi hastada, hangi soruya cevap vermek için istendiği kısa videoda anlatılıyor.
Kimlere Yapılır
ESMO Hassas Tıp Çalışma Grubu'nun 2024 önerisine göre ileri evre küçük hücreli dışı akciğer kanseri (özellikle adenokarsinom), kolanjiyokarsinom, prostat kanseri ve over kanserinde çok genli NGS paneli standart uygulamadır; bu kanserlerde hedefe yönelik ilacı olan değişiklikler yeterince sık bulunur. Kolon kanseri, meme kanseri, mide kanseri ve melanomda ise RAS, BRAF, MSI, HER2 ve BRAF V600 gibi sınırlı sayıda test tedaviyi belirlemeye yeter ve geniş panel rutin değildir.
Geniş panel ayrıca nadir tümörlerde, kaynağı bilinmeyen kanserlerde, standart basamakların tükendiği ve genel durumu iyi hastalarda, klinik araştırma uygunluğu değerlendirilirken ve kanser türünden bağımsız ruhsatlı hedefler (NTRK füzyonu, MSI yüksek, TMB yüksek, BRAF V600E, RET) araştırılırken kullanılır. Erken evre hastalıkta CGP çoğu kanserde tedaviyi değiştirmez ve rutin önerilmez; istisnalar erken evre akciğer kanserinde EGFR ve ALK, meme kanserinde HER2 gibi kılavuzda tanımlı testlerdir.
Test kararı tedaviyi değiştirme olasılığına göre hekim tarafından verilir; her hastaya geniş panel yapılmaz ve test sonucu her zaman tedaviyi değiştirmez. Örneğin akciğer adenokarsinomunda hastaların yaklaşık yarısında hedeflenebilir bir değişiklik bulunurken, diğer solid tümörlerde geniş panel sonrası tedavisi değişen hasta oranı yaklaşık üçte birdir.
NGS Raporu Adım Adım Nasıl Çıkarılır
Örneğin laboratuvara yolculuğundan genomik haritanın çıkarılmasına kadar sürecin adımları: biyopsi ya da kan örneğinin dizileme merkezine gönderilmesi ve tümörün genomik parmak izinin okunması.
Doku ve Likit Biyopsi
Kapsamlı genomik profilleme iki örnek türünden yapılabilir: patoloji laboratuvarında parafin bloğunda saklanan biyopsi ya da ameliyat dokusu ve kandan alınan likit biyopsi. Doku, tümör hücrelerini doğrudan içerdiği için ilk tercihtir; likit biyopsi (kandan dolaşan tümör DNA'sı analizi) doku alınamadığında ya da direnç araştırılırken kullanılır.
- Doku örneği (parafin bloğu)
- Daha önce alınmış biyopsi bloğu patoloji arşivinden çıkarılarak kullanılabilir; yeni biyopsi çoğu zaman gerekmez. Blokta yeterli tümör hücresi (genellikle yüzde 20 ve üzeri) bulunmalıdır ve iki ila üç yıldan eski bloklarda DNA kalitesi düşebilir. Kemik dokusundan alınan örnekler kireç çözme işlemi nedeniyle NGS için uygun olmayabilir.
- Likit biyopsi (kan)
- Tümörün kana saldığı DNA parçaları 10 ila 20 mL kandan analiz edilir. Üç kullanım alanı vardır: doku yetersiz ya da biyopsi riskliyse, hedefe yönelik tedavide direnç geliştiğinde ve sonucun hızlı gerekli olduğu durumlarda. Pozitif sonuç doku kadar güvenilirdir; negatif sonuç hedefin yokluğunu kanıtlamaz ve doku testi gerekir.
- Yeni biyopsi
- Doku yetersizse, tümör dokusunun biyolojisi değişmiş olabilecek uzun bir süre geçtiyse ya da direnç mekanizması likit biyopside bulunamadıysa yeniden doku alınır; biyopsi yöntemi ilgili girişimsel radyoloji ya da cerrahi ekiple belirlenir.
Süreç ve Süre
Test süreci tıbbi onkoloğun hangi panelin gerektiğine karar vermesiyle başlar ve laboratuvar raporunun tedavi kararına dönüştürülmesiyle biter; toplam süre çoğunlukla üç ila dört haftadır. Bu sürede hekim mevcut patoloji ve evreleme bilgisiyle geçici planı belirler; hastanın durumu acilse sonucu beklemeden kemoterapi başlanabilir ve sonuç geldiğinde plan güncellenir.
| Adım | Ne yapılır | Genel süre |
|---|---|---|
| 1. Karar ve onam | Hekim kanser türü ve evreye göre paneli seçer; hasta bilgilendirilir ve onam alınır | Muayene günü |
| 2. Örnek temini | Parafin bloğu patoloji arşivinden istenir ya da kan alınır; patolog tümör oranını kontrol eder | 2 ila 5 iş günü |
| 3. Laboratuvar analizi | DNA ve gerekirse RNA izolasyonu, dizileme, biyoinformatik analiz | 10 ila 14 iş günü (likit biyopsi 7 ila 14) |
| 4. Rapor ve yorum | Klinik moleküler onkoloji ekibi varyantları OncoKB, ClinVar ve cBioPortal ile sınıflandırır | 1 ila 3 iş günü |
| 5. Karar | Hekim sonucu hastayla görüşür; karmaşık olgular moleküler tümör kuruluna taşınır | Kontrol muayenesi |
Doku yetersiz bulunursa süreç ikinci adıma döner ve yeni örnek ya da likit biyopsi planlanır; bu, süreyi bir ila iki hafta uzatır. Başka bir merkezde yaptırılmış bir test raporu da yeniden yorumlanabilir; mevcut raporlarla ikinci görüş istenebilir ve aynı test gereksiz yere tekrarlanmaz.
Kapsamlı Genomik Profil Her Hastaya Yapılmalı mı
Kapsamlı genomik profilleme tümördeki DNA ve RNA değişikliklerini, varyantları ve kopya sayısı değişikliklerini birlikte değerlendiriyor; videoda hangi durumlarda öncelikli olduğu anlatılıyor.
Sonuç Nasıl Okunur
Bir CGP raporu dört bölümden oluşur: bulunan gen değişiklikleri, her değişiklik için ilaç kanıt düzeyi, TMB ve MSI gibi immünoterapi belirteçleri ve belirsiz anlamlı varyantlar. Raporu okumanın anahtarı kanıt düzeyidir; aynı gen değişikliği bir kanserde standart tedaviyi belirlerken başka bir kanserde yalnızca araştırma verisine dayanabilir.
ESMO'nun ESCAT ölçeği hedefleri altı basamağa ayırır: 1. basamak, o kanser türünde ruhsatlı ve kılavuzda yer alan ilacı olan hedeftir (akciğer kanserinde EGFR, meme kanserinde HER2 gibi); 2. basamak, faz 2 çalışmalarda yanıt gösterilmiş hedeftir; 3. basamak, yararın başka bir kanser türünde gösterildiği hedeftir; 4. basamak yalnızca laboratuvar kanıtına dayanır; 5. basamakta ilaç tümörü küçültür ancak hastanın daha uzun ya da daha iyi yaşamasına yardım ettiği gösterilmemiştir; X basamağında ise bulgunun tedavi edilebilir olduğuna dair kanıt yoktur. OncoKB veri tabanı da benzer biçimde düzey 1'den 4'e kadar sıralar ve düzey 1 FDA onaylı ilaç anlamına gelir. AMP, ASCO ve CAP'ın ortak sınıflaması ise varyantları klinik önemi güçlü (Tier I), olası (Tier II), bilinmeyen (Tier III) ve iyi huylu (Tier IV) olarak dört kademeye ayırır.
Belirsiz anlamlı varyant (VUS), bir gende bulunan ancak hastalıkla ilişkisi henüz bilinmeyen değişikliktir; tedavi kararı verdirmez ve laboratuvar ya da ekip tarafından zamanla yeniden sınıflanabilir. Hedefe yönelik tedaviyle ilgili genel bilgiler akıllı ilaç tedavisi, immünoterapi belirteçleri immünoterapi sayfasında anlatılır. Raporda BRCA1, BRCA2, MLH1 gibi kalıtsal olabilecek bir gende değişiklik görülürse, özellikle allel oranı yüksekse, kan testiyle germline doğrulama önerilir.
Önemli: Bu sayfadaki bilgiler genel ilkeleri anlatır; hekim muayenesinin ve kişiye özel tedavi planının yerine geçmez. Bir laboratuvar raporundaki "hedef bulundu" ifadesi tek başına ilaç kararı değildir; kanıt düzeyi, kanser türü ve hastanın durumu birlikte değerlendirilir.
Genetik Panel Testi Nedir
Aynı tanıyı alan iki hastanın tümörü genetik olarak bambaşka davranabiliyor. Testin ne ölçtüğü ve kişiye özgü tedavi kararında nasıl kullanıldığı sade bir dille anlatılıyor.
Genetik Paneller Yalnızca Tedavi Seçimi için Mi
Hayır; kapsamlı genomik profilleme tedavi seçimi dışında dört amaca daha hizmet eder. Birincisi, tanıyı netleştirmektir: kaynağı bilinmeyen kanserlerde ve bazı sarkomlarda gen füzyonu tümörün türünü belirler ve patoloji tanısını destekler. İkincisi, hastalığın seyrini öngörmektir: kolon kanserinde BRAF V600E ya da akciğer kanserinde KRAS ile STK11 birlikteliği gibi bulgular tedaviye yanıtı ve seyri etkiler ve takip sıklığını değiştirebilir.
Üçüncüsü, direnç mekanizmasını anlamaktır: hedefe yönelik tedavi altında hastalık ilerlediğinde tekrarlanan test (çoğunlukla likit biyopsi) EGFR C797S, MET amplifikasyonu ya da küçük hücreli dönüşüm gibi mekanizmaları gösterir ve bir sonraki basamağı belirler. Dördüncüsü, kalıtsal riski fark etmektir: tümör testinde bulunan BRCA, MMR ya da TP53 değişikliği ailede kalıtsal sendrom şüphesi doğurur ve germline testle doğrulanır; bu bulgu hastanın kendisinden çok akrabalarının taramasını değiştirir.
Endikasyon Dışı ve Klinik Araştırma Yolu
Test sonucunda hedef bulunduğu hâlde o hedef için ilacın Türkiye'de ruhsatlı olmadığı ya da hastanın kanser türünde tanımlı olmadığı durumlar sık yaşanır; ESMO verilerine göre geniş panelde bulunan hedeflerin önemli bir bölümü ESCAT 3 ve altındadır. Bu durumda olgu moleküler tümör kurulunda tartışılır ve üç seçenek değerlendirme konusu olarak ele alınır.
Birinci seçenek, Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu'na endikasyon dışı ilaç kullanım başvurusudur; hekim kanıt belgeleriyle başvuruyu hazırlar, sonuç kurumun değerlendirmesine bağlıdır ve önceden vaat edilmez. İkinci seçenek, hedefe uygun açık bir klinik araştırmaya katılımdır; araştırmalar ClinicalTrials.gov ve ulusal kayıtlardan taranır, uygunluk ölçütleri araştırma merkezince değerlendirilir. Üçüncü seçenek, bu yollar uygun değilse kılavuzun standart tedavisiyle devam etmektir; bu da geçerli ve çoğu zaman doğru karardır.
Moleküler testlerin geri ödemesi Sağlık Uygulama Tebliği'nde teste ve endikasyona göre tanımlıdır; kapsam dışı testlerde süreç muayenede konuşulur. Ücret bilgisi hastane tarafından, muayene sonrasında ve kişiye göre verilir; sitede fiyat yayınlanmaz. Genetik ve moleküler onkoloji bölümünün diğer sayfaları genetik ve moleküler onkoloji sayfasında listelenir.
Sık Sorulan Sorular
Kanser genetik testi kaç günde çıkar?
Kapsamlı genomik profilleme, doku bloğunun laboratuvara ulaşmasından itibaren çoğunlukla 10 ila 14 iş gününde sonuçlanır; patoloji arşivinden bloğun çıkarılması ve gönderimi buna iki ila beş iş günü ekler. Likit biyopsi (kan) yedi ila 14 iş günü sürer. Tek gen testleri ve immünohistokimya üç ila yedi iş gününde çıkar. Doku yetersiz bulunursa yeni örnek gerektiğinden süre uzar. Bu sürede hekim mevcut bilgiyle geçici planı belirler; hastanın durumu acilse sonucu beklemeden kemoterapi başlanabilir.
NGS testi kanser teşhisi için kullanılır mı?
Hayır; kanser tanısı biyopsi dokusunun patolog tarafından mikroskopta incelenmesiyle konur, NGS testi tanı koymaz. Yeni nesil dizileme, tanısı konmuş tümörün hangi gen değişikliklerini taşıdığını gösterir ve tedavi seçimini yönlendirir. Sağlıklı kişilerde kanser taraması amacıyla yapılan kan tabanlı çok kanserli tarama testleri araştırma aşamasındadır ve kılavuzlarda önerilmez. Kalıtsal kanser riskini belirleyen kan testi ise ayrı bir testtir ve tanı değil risk bilgisi verir.
Genetik kan testi pozitif çıkarsa ne olur?
Likit biyopside (kandan tümör DNA'sı testi) hedeflenebilir bir değişiklik bulunması, doku biyopsisi olmadan da o hedefe yönelik tedaviye başlamak için yeterli kabul edilir; ESMO ve IASLC bu yaklaşımı onaylar. Sonuç önce kanıt düzeyine göre sınıflanır, sonra kanser türü ve evreyle birlikte yorumlanır. Kalıtsal kanser testinde pozitif sonuç ise doğuştan taşınan bir değişikliği gösterir; bu durumda kişiye özel izlem ve aile bireylerine test önerilir. Hangi kan testinin yapıldığı sonucun anlamını belirler.
Likit biyopsi doku biyopsisinin yerini tutar mı?
Kısmen. Likit biyopsi kanda dolaşan tümör DNA'sını analiz eder; pozitif sonuç doku kadar güvenilirdir ve tedaviye başlamak için yeterlidir. Ancak her tümör kana yeterince DNA salmaz; negatif sonuç hedefin olmadığını kanıtlamaz ve bu durumda doku biyopsisi yine gerekir. Likit biyopsi üç durumda öne çıkar: doku alınamıyor ya da yetersizse, hedefe yönelik tedavi altında direnç geliştiyse ve sonucun hızla gerekli olduğu durumlarda. Tanı için doku her zaman şarttır.
CGP her hastaya gerekli mi?
Hayır; her hastaya geniş panel gerekmez. ESMO 2024 önerisine göre ileri evre akciğer adenokarsinomu, kolanjiyokarsinom, prostat ve over kanserinde çok genli panel standarttır; kolon, meme, mide ve melanomda ise sınırlı sayıda test (RAS, BRAF, MSI, HER2) tedaviyi belirlemeye yeter. Erken evre hastalıkta geniş panel çoğu kanserde tedaviyi değiştirmez. Nadir tümörlerde, standart basamaklar tükendiğinde ve klinik araştırma değerlendirilirken geniş panel gündeme gelir. Test kararı tedaviyi değiştirme olasılığına göre hekim tarafından verilir.
Sonuçta hedef bulunmazsa ne olur?
Hedef bulunmaması testin başarısız olduğu anlamına gelmez; bu da tedaviyi yönlendiren bir sonuçtur. Tümörde hedeflenebilir değişiklik olmadığı bilindiğinde kılavuzun standart tedavisi, çoğunlukla kemoterapi, immünoterapi ya da ikisinin birlikteliği uygulanır. Raporda TMB ya da MSI yüksek gibi immünoterapi yanıtını öngören bulgular yine yer alabilir. Test sonucu her zaman tedaviyi değiştirmez; geniş panelde ileri evre hastaların yaklaşık üçte birinde tedaviyi değiştiren hedef bulunur. Hastalık ilerlediğinde yeni biyopsi ya da likit biyopsi ile test tekrarlanabilir.
Test SGK kapsamında mı?
Moleküler testlerin geri ödemesi Sağlık Uygulama Tebliği'nde teste ve endikasyona göre tanımlıdır; akciğer kanserinde EGFR, ALK, ROS1 gibi tek gen testleri ve birçok immünohistokimya testi kapsamdadır. Çok genli geniş panellerin kapsamı tebliğdeki koşullara ve laboratuvara göre değişir; bazı paneller yalnızca belirli endikasyonlarda ödenir. Hangi testin hangi koşulda karşılandığı muayenede güncel tebliğe göre konuşulur. Ücret bilgisi hastane tarafından, muayene sonrasında ve kişiye göre verilir; sitede fiyat yayınlanmaz.
İlgili Sayfalar
Genetik ve Moleküler Onkoloji
Sayfayı Açın
Moleküler Tümör Kurulu
Sayfayı Açın
Kalıtsal Kanser Risk Değerlendirmesi
Sayfayı Açın
Akıllı İlaç Tedavisi
Sayfayı Açın
İmmünoterapi
Sayfayı Açın
Akciğer Kanseri Tedavisi
Sayfayı Açın
İkinci Görüş
Sayfayı AçınKaynaklar ve Kılavuzlar
- Mosele F ve ark. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with metastatic cancers: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol 2020;31(11):1491-1505. Bağlantı
- Mosele MF ve ark. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol 2024;35(7):588-606. Bağlantı
- Mateo J ve ark. A framework to rank genomic alterations as targets for cancer precision medicine: the ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets (ESCAT). Ann Oncol 2018;29(9):1895-1902. Bağlantı
- Chakravarty D ve ark. OncoKB: a precision oncology knowledge base. JCO Precis Oncol 2017;1:1-16. Bağlantı
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center. OncoKB Precision Oncology Knowledge Base. Bağlantı
- National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Non-Small Cell Lung Cancer. Bağlantı
- Li MM ve ark. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: a joint consensus recommendation of AMP, ASCO and CAP. J Mol Diagn 2017;19(1):4-23. Bağlantı
- Rolfo C ve ark. Liquid biopsy for advanced NSCLC: a consensus statement from the International Association for the Study of Lung Cancer. J Thorac Oncol 2021;16(10):1647-1662. Bağlantı
- National Center for Biotechnology Information. ClinVar. Bağlantı
- cBioPortal for Cancer Genomics. Bağlantı
- National Cancer Institute. Biomarker Testing for Cancer Treatment. Bağlantı
- Türk Tıbbi Onkoloji Derneği. Kılavuzlar ve hasta bilgilendirme kaynakları. Bağlantı